For elever som har behov for alternativ opplæring tilbyr Fosen videregående skole undervisning i ulike mindre grupper. Alle elevene får en kontaktlærer, og spesialpedagogisk leder koordinerer opplæringsbehovet og tilrettelegger et skreddersydd utdanningsløp i samråd med eleven, foresatte, kontaktlærer, PPT og andre sakkyndige instanser.
Det blir utarbeidet en individuell opplæringsplan for hver enkelt elev. Målet for opplæringen er å forberede ungdommene på livet etter videregående skole på en best mulig måte. Her legger Fosen videregående skole særlig vekt på at elevene skal være best mulig rustet til en meningsfylt voksentilværelse der tilhørighet og trivsel ved en arbeidsplass eller et annet dagtilbud står i fokus.
De elevene som har IOP får skriftlige vurderinger i de ulike fagene to ganger i løpet av skoleåret (halvårsrapporter). Noen av elevene har også karakterer i ulike fag. Alle elevene får karakter i orden og adferd. Etter endt opplæring får elevene et kompetansebevis.
Alle elevene har undervisning tilpasset sitt nivå, og de fleste har fagene norsk, matematikk, engelsk og samfunnsorientering. Trening av kommunikasjon, sosiale ferdigheter og ADL er også i fokus. I tilegg kan elevene delta i deler av skolens andre utdanningsprogram. Alle elevene på Fosen videregående låner bærbar PC gratis gjennom skolen, og bruk og opplæring i ulike digitale verktøy og læringsplattformen Fronter står sentralt også hos de elevene som går på alternativ opplæring.
Skolen legger vekt på fysisk aktivitet, og alle elevene har tilbud om svømming og ulike former for kroppsøving tilpasset hver enkelt elev sitt behov.
De fleste elevene har også prosjekt til fordypning /yrkespraksis en eller flere dager i uka. Yrkespraksisen foregår dels på egen skole i kantine Campus Cafe, ved teknisk drift og i resepsjonen, men skolen samarbeider også med ulike bedrifter i Bjugn og Ørland kommune om arbeidsutprøving.